De timing van het vertrek uit Calicut, 29 augustus 1498, was echter ongelukkig en geeft ook aan dat Vasco da Gama nog weinig had opgestoken over de navigatie in de Indische Oceaan. Van april tot september waait de moesson vanuit het zuidwesten, waarna hij van oktober tot maart uit de tegenovergestelde richting, het noordoosten, komt. Hij kwam niet weg en verbleef een maand op het eilandje Anjediva, iets ten noorden van Calicut. Pas op 7 januari, 132 dagen na het vertrek uit Calicut, arriveerden de drie schepen in Malindi. De overtocht had bijna de helft van de bemanning het leven gekost als gevolg van scheurbuik. Da Gama zag zich genoodzaakt om de São Rafael te verbranden en de resterende bemanning over de São Gabriel en de Berrio te verdelen.
De schepen rondden Kaap de Goede Hoop op 10 maart, waarna de oversteek van 7000 kilometer naar de Kaapverdische Eilanden slechts 27 dagen kostte. Door een storm raakten de twee schepen elkaar vervolgens kwijt. Nicolau Coelho arriveerde op 10 juli 1499 met de Berrio als eerste in Lissabon, twee jaar na het vertrek. Vasco da Gama voer door naar de Azoren, waar zijn broer Paulo aan de gevolgen van scheurbuik overleed. In september arriveerde ook da Gama in Lissabon. In totaal overleefden 60 van de 170 bemanningsleden de tocht.
Vasco Da Gama 